Kafka Tamura loopt op zijn vijftiende verjaardag weg van huis, concreet is dat van zijn vader weg. Zijn moeder verliet het gezin samen met zijn zus toen Kafka vier jaar oud was. Kafka’s vader viel hem lastig met de (oud-Griekse) voorspelling dat hij zijn vader zou vermoorden en met zijn moeder en zus zou slapen. Kafka zoekt zijn toevlucht op een zuidelijker eiland van Japan. Ondertussen is er in Tokio ook de oude man Nakata, die kan praten met katten. Op een avond vermoordt hij een man (die zich Johnnie Walker noemt en zich kleedt zoals de figuur op de whiskeyfles) in diens huis in zeer vreemde omstandigheden. De politie gelooft hem niet en op zijn beurt vlucht hij naar hetzelfde zuidelijk eiland. Daar heeft Kafka zijn intrek kunnen nemen in de Komura-bibliotheek, gerund door mevrouw Saeki en haar assistent Oshima. Kafka wordt verliefd op deze vrouw, die in haar jeugd een plaatje heeft opgenomen dat Kafka op het strand heet… Via de pers vernemen ze dat ondertussen Kafka’s vader in Tokio vermoord is. De politie zoekt ondertussen zowel Kafka als de oude Nakata, die een bijzondere opdracht heeft met een mysterieuze sluitsteen.